La guerre viendra malheureusement interrompre ce nouvel élan et les compétitions seront tronquées à cause de la division du territoire français. Pendant le conflit, l'ASM triomphera dans le championnat de Provence et arrivera en quarts de finale de la Coupe de France lors de la saison 1941 - 42.

En 1947 - 48, la guerre terminée, les Asémistes remportent le championnat de Division d'Honneur du Sud-Est. Un vent nouveau souffle sur l'AS Monaco.

1948 marque le retour du club en championnat professionnel, et plus précisément en championnat de Deuxième Division. Le 22 août 1948, sur le terrain du RC Lens, l'ASM dispute et perd son premier match 3-0. Le premier but professionnel de l'AS Monaco interviendra la semaine suivante, contre Amiens, au stade Louis II, par l'intermédiaire de Musso. La première victoire arrivera, quant à elle, un peu plus tard, contre Lyon, sur le score fleuve de 5-1. En fin de saison, un événement d'une extrême importance intervient : le Prince Rainier III succède à son grand-père le Prince Louis II. Le Club bénéficiera à partir de cette date du soutien indéfectible de la Famille Princière. Cependant, les résultats de l'équipe fanion seront moins reluisants. Elle végètera dans les profondeurs de la Deuxième Division.